A Academia foi oficialmente fundada no dia 18 de abril de 2002, em uma reunião realizada nos salões do restaurante do SENAC, localizado na Rua de Nazaré, em São Luís, capital maranhense. A iniciativa partiu de um encontro casual entre Joaquim Itapary, Capitão Padilha e Álvaro Melo durante uma solenidade literária no Arquivo Público de São Luís.

A partir desse encontro, foi marcada a primeira reunião oficial, da qual participaram os nove primeiros acadêmicos, ocupando as cadeiras de 1 a 9. Na segunda reunião, juntaram-se os membros das cadeiras 10 a 18 e, na terceira, completou-se o grupo com os titulares das cadeiras 19 a 28. Os patronos foram escolhidos e o estatuto da instituição foi aprovado nesse processo de formação.
O primeiro encontro fora da capital aconteceu no município de São Bento, no dia 15 de novembro de 2002, ocasião em que mais três acadêmicos foram empossados.

Reconhecendo a relevância da instituição para o cenário cultural e literário local, a Câmara Municipal de São Bento declarou a Academia como entidade de Utilidade Pública Municipal, por meio do Decreto-Lei nº 005/2005, de 31 de maio de 2005.